Bhè, non conosco la storia di questi due siti, ma di sicuro uno dei due verrà eliminato dai datacenter dei motori di ricerca, in quanto sito duplicato.
Non so nemmeno se i siti in questione sono i tuoi o meno; comunque, non ha senso avere un clone del proprio sito
Per quanto riguarda la tua domanda iniziale, direi che spesso quel tipo di contenuti andrebbe escluso a priori dall'attenzione dei crawler; parlo delle pagine con contenuto non inerente alla tematica, ma che sono di supporto solo nel momento in cui l'utente è già atterrato nel sito stesso; e i motori di ricerca interpretano i link per quelli che sono, come ti ha giustamente risposto Alex, ma la differenza in questo caso è l'aspetto negativo che possono rappresentare in relazione alla situazione del contenuto duplicato.