Non capisco l'utilità che ti possa dare l'inserimento di un condizionale che blocca l'indicizzazione delle pagine.
Piuttosto inserirei un'istruzione che fornisca alle categorie e anche ai tag, description e keywords appropriate e diverse per ognuna.
Comunque penso che se non risolvi il problema di avere category e tag con lo stesso nome difficilmente ne esci. Oltre a ciò considera anche quanti tag hai perchè se sono troppi è un altro punto in più che può influire negativamente nel posizionamento.
Fatti coraggio e rivedi i tag cercando di ridurli e rinominarli diversamente dalle categorie. Poi fai il redirect tramite htaccess dai tag attuali ai tag nuovi. Ad esempio se ora hai un tag chiamato tizio e i post contenuti nello stesso saranno spostati in un nuovo tag chiamato caio, farai un redirect da tizio a caio.
Meglio perdere qualche giorno piuttosto che scomparire dall'indice. Mi auguro che qualcuno possa consigliarti una soluzione più rapida della mia ma dubito che si possa fare diversamente.
Tieni conto che molto probabilmente questo mese ci sarà il ricalcolo del pagerank da parte di Google (il primo dall'avvento di Caffeine) e potrebbero succedere molti stravolgimenti nella serp. Io ti consiglio di agire subito. Buon lavoro.
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